Autodesk Molecule Viewer é um serviço online e gratuito, que dispensa registo, e que permite visualizar moléculas (moléculas orgânicas, proteínas, enzimas, nanotubos, etc.).

Funções básicas
O aplicativo oferece todas as funções base de qualquer software de visualização molecular, nomeadamente:
- Rotação
- Translação
- Zoom
- Seleção de resíduos, átomos, subunidades e moléculas
- Navegação por molécula, subunidade, resíduo e átomos

Funções mais avançadas
Além disso, Autodesk Molecule Viewer oferece ainda as representações em “ball and stick”, “ribbon” e superfície. As cores das representações são, também, completamente personalizáveis por parte do utilizador.
Uma função muito interessante, é a possibilidade de afastar, proporcionalmente, todos os elementos que compõe o sistema em observação como evidência a imagem abaixo.

Pode ainda optar por visualizar apenas frações do sistema usando o plano de corte através de todo o sistema e em qualquer orientação.
Pode optar ainda por criar anotações em qualquer dos items selecionáveis.

Alternativamente, pode escolher colocar uma legenda na imagem.
A ferramenta de medida permite medir distâncias entre átomos, bastando clicar sobre os dois átomos a serem tidos em consideração.

Guardar e partilhar
Autodesk Molecule Viewer permite carregar moléculas diretamente do Protein Data Bank ou carregar através do computador. Pode ainda exportar as moléculas em formatos passíveis de serem usados por outros visualizadores ou ainda ficheiros de impressão 3D. Também é possível exportar as imagens da estrutura que está a ser visualizada.
Realidade virtual
A realidade virtual é outra das características que distingue este visualizador de moléculas, pois permite usar o smartphone ou uns óculos de realidade virtual para visualizar e interagir com as moléculas de uma forma muito mais interactiva.
