Em alguns casos particulares, apenas a sequência de uma dada proteína é conhecida, por exemplo se essa proteína for transmembranar. Estas e outras proteínas podem incluir certas características que dificultam a sua cristalização para determinação estrutural por difração de raios X, por exemplo.
O PredictProtein é uma ferramenta online e gratuita que permite obter informação acerca do arranjo tridimensional de uma da proteína, a partir da sua sequência de aminoácidos.
Como utilizar a ferramenta?
- Colar a sequência de aminoácidos no campo de texto da ferramenta.
2. Clicar em “PredictProtein”.
3. Aguardar pelos resultados… Pode demorar algum tempo, dependendo do tamanho da proteína.
4. Analisar os resultados.
Logo no cabeçalho temos informação cerca da localização subcelular para a proteína testada, bem como uma sugestão de nome. Depois segue-se um painel interativo, no qual podemos navegar pela sequência da proteína e obter informação acerca de:
- Exposição de determinadas sequências, indicando se se trata de uma sequência “enterrada” no interior da proteína ou exposta ao solvente;
- Informação acerca do tipo de domínios de estrutura secundária encontrados, como hélices, loops ou folhas β;
- Identificação de locais de ligação a outras proteínas;
- Identificação de locais de ligação a polinucleótidos;
- Comparação das sequências como outras proteínas de sequência e estrutura já conhecida;
- Indicação do possível organismo de origem da proteína em causa;
- Informação acerca de loops desorganizados e sua relação com a flexibilidade da proteína nesses domínios;
- Avalia a possibilidade de serem estabelecidas pontes dissulfureto;
- Avaliação do efeito das mutações de cada um dos resíduos, extrapolando acerca da sua importância para a estrutura global e função da proteína.
