No artigo de hoje vou apresentar uma série de ferramentas que são uma mais valia para qualquer investigador ou estudante que tenha de obter, analisar e/ou comparar dados relativos a ácidos nucleicos, como sequências de RNA e DNA. As ferramentas aqui apresentadas são gratuitas, de acesso livre e não requerem a instalação de qualquer software uma vez que correm diretamente no browser.
Alinhamento de Sequências
O primeiro conjunto de ferramentas permite o alinhamento de sequências de DNA e RNA.
BLAST – NCBI
Esta é talvez das ferramentas mais completa para o alinhamento de sequências de nucleótidos, permitindo a comparação entre mais do que uma sequência em simultâneo e suportando vários formatos de entrada, nomeadamente a sequência em texto, em ficheiro FASTA ou diretamente a partir do respetivo número de acesso.
Spidey – NCBI
Também da NCBI, o Spidey é uma outra ferramenta que permite o alinhamento de uma dada sequência de mRNA num dado banco genómico, comparando-o com o respectivo DNA codificante.
Cell Biology Unit Web Server
Esta é uma alternativa ao BLAST de nucleótidos da NCBI, mas com menos opções de alinhamento. Por isso mesmo trata-se de um alinhador mais simples para uma rápida análise de duas sequências.
Calculadora de Concentração
Esta ferramenta permite uma rápida conversão do valor de OD260, ou seja, a densidade óptica de uma solução a 260 nm (medida por espectrofotometria), para a concentração de RNA, DNA ou ssDNA.
Ferramentas de DNA CRISPR
As duas próximas ferramentas visam facilitar o design de crRNA e sgRNA considerando as Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats – CRISPR, em português Repetições Palindrômicas Curtas Agrupadas e Regularmente Interespaçadas.
Design de siRNA e shRNA
Estas são três ferramentas para a concepção e construção de siRNA e shRNA, permitindo também a sua imediata aquisição, se assim o desejar.
- Ferramenta para design de shRNA da Invitrogen
- Ferramenta para design de shRNA da Sigma
- Ferramenta para design the siRNA da Dhamarcon
Base de dados genómica
Esta é uma plataforma online que reúne uma série de sequências genómicas que podem ser pesquisadas, por exemplo, através do nome do gene, do código ou até da doença que lhes estão associadas.
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