A radiação cósmica de fundo primária, aquela que chega directamente do universo e que penetra na nossa atmosfera, é bastante energética e penetrante e interage com as primeiras moléculas de gás que constituem a nossa atmosfera (isto acontece fundamentalmente na ionosfera). Estas radiações vão fazer com que os átomos presentes libertem energia na forma de partículas menos penetrantes e menos energéticas, como núcleos mais leves ou protões. O que acontece à medida que entramos mais na atmosfera é que estes protões sofrem reacções de decaimento e libertam partículas menos energéticas como os mesões, a chamada radiação cósmica secundária.
Em suma, os mesões não chegam até nós directamente através da radiação cósmica de fundo, mas sim a partir de uma séria de reacções em cadeia e que culminam na sua emissão.