O 4Peaks é uma aplicação gratuita desenvolvida pela Nucleobytes e que permite aos utilizadores visualizar e editar sequências de DNA, a partir de dados de sequenciação obtidos experimentalmente.
A aplicação está disponível para OS X de forma gratuita e já recebeuo prémio para melhor design em 2004, atribuído pela Apple.
Os picos em letras
Das primeiras capacidades que este software tem é o facto de conseguir apresentar os picos para cada nucleótido de forma bem definida e ainda escrever automaticamente a sequência nucleotídica correspondente.
O software reconhece os mais famosos formatos de ficheiros, como:
- ABI
- BIO
- ZTR1/2/3
- SCF
Mantendo a tecla Shift pressionada, é fácil fazer zoom sobre os eixos do YY ou XX, facilitando a visualização dos resultados e a distinção entre picos adjacentes.
Marcadores
Pode definir certas regiões da sequência importada como marcadas e assim ficam disponíveis para um rápido acesso quando for necessário visualizá-las novamente.
Exportar para PDF
As imagens que obtém ao longo a análise podem rapidamente ser exportadas para PDF, com elevada resolução, para que possam ficam prontas para uma publicação, tese ou poster.
Procurar por motivos
A visualização da sequência está facilidade e a procura por sequências comuns está facilitada. Com uma base de dados com mais de 1000 motivos diferentes, nada escapará na sua análise. Podem ainda procurar por mutações, deleções e SNPs, por exemplo, assinalando-as convenientemente.
BLAST
Para além da procurar por motivos, também pode fazer BLAST das suas sequências de DNA em bases de dados conhecidas, como as as NCBI, de forma a encontrar sequências semelhantes ou em outros organismos.
Tradução
Pode ainda obter a possível sequência de aminoácidos obtida por tradução a partir da sequência de DNA de partida. Neste processo pode ser escolhido o organismo que deve ser tomado em conta aquando do processo de tradução, de forma a que os resultados da tradução sejam os mais adequados.
Usados pela comunidade científica
Várias são as instituições de investigação que usam este software quando precisam de manipular as sequências de DNA, como podem ver na imagem abaixo.
Página Oficial | Download para OS X (Gratuito)