Nas áreas da bioquímica, química, farmácia e outras que estudam aprofundadamente a estrutura das proteínas e procuram compreender a estreita relação entre a estrutura e a função, os softwares de tratamento de documentos de coordenadas atómicas são uma ferramente muito utilizada e importante. A maioria dos ficheiros de coordenadas encontram-se organizados na base de dados “Protein Data Bank” (PDB), a maioria das estruturas apresentadas foram obtidas por difracção de raios X ou NMR. Existem variadíssimos softwares que permitem a modulação destes moléculas a três dimensões. Hoje, trago-vos o Chimera um software de fácil utilização mas repleto de ferramentas para o estudo das moléculas em 3D.
O Chimera é um aplicativo gratuito que está disponível para Windows, Mac OS e Linux. Para além das funcionalidades básicas de selecção, rotação, alteração da vista, etc. possuí ferramentas avançadas para o alinhamento de estruturas, homologia, sequência, características de superfície (surface)… Para tornar as suas imagens ou vídeos mais atrativos pode ainda regular a intensidade, número e orientação dos focos luminosos sobre a molécula, dando um toque mais profissional aos seus trabalhos.
Algumas ferramentas simples e muito utilizadas:
- Rodar: Botão esquerdo do rato e mover o rato na direcção pretendida (mantendo o clique);
- Ampliação: Botão direito do rato;
- Mover: Alt+Botão esquerdo do rato
- Seleccionar: Ctrl+Botão esquerdo do rato
- Seleccionar mais que um resíduo ou átomo: Ctrl+Shift+Botão esquerdo do rato
Ferramentas de selecção (“Select”):
As ferramentas de selecção passam pela selecção de cadeias, resíduos de aminoácidos, átomos, moléculas, determinadas sequências, etc.
No menu “Actions” poderá efectuar as mais diversas acções sobre a selecção que efectuou, desde:
- Eliminar a selecção;
- Alterar a forma como a estrutura é exibida (“Stick”; “Ball and stick”; “Cartoon”; “Ribbon”; “Wire”);
- Ativar e desativar a superfície e respectiva transparência;
- Definir uma cor ou atribuir cor automática consoante o elemento químico;
- Ativar etiquetas de nome do elemento ou aminoácido e respectivas características;
- Focar na tela.
O menu “Tools” apresenta múltiplas funções como a obtenção da Sequência (Tools>Sequence>Sequence), selecção pela sequência, alinhamento, homologia, estudo das interações, forças de Coloumb e interações electrostáticas, adição de ligações, etc.
O software conta ainda como vistas pré-definidas e que podem ser escolhidas a partir do menu “Presets”. Permite a gravação de vídeos, onde se colocam as diversas posições e o tempo que se pretende gravar e o programa gera um vídeo com o movimento da câmara até percorrer a proteína enquanto procura as posições definidas. Pode guardar qualquer imagem com ou sem fundo e nos formatos mais utilizados como png, jpg e gif (File>Save Image…).
Página Oficial | Página para download (Windows, Mac OS e Linux | Tamanho aproximado 100MB | Licença: Gratuito)