A mitocôndria é um organelo que armazena cerca de 90% do cálcio que se encontra no interior de uma determinada célula. Na verdade, o Cálcio é armazenado na forma de fosfato de cálcio e este entra para o interior da mitocôndria através de uma bomba de iões cálcio ([latex]Ca^{2+}[/latex]) que usa o gradiente de protões estabelecido para activar este mesmo mecanismo de transporte. O gradiente de protões é usado em primeira instância para acumular cálcio no interior da mitocôndria, só o que resta é que usado para outras actividades como a produção de ATP. Por isso é que muitas das vezes a mitocôndria usa ATP para bombear protões e criar assim um gradiente que seja favorável à entrada e acumulação de cálcio.
Fontes:
http://anatpat.unicamp.br/tanecrose2.html
http://www.unicamp.br/unicamp/unicamp_hoje/jornalPDF/ju351pag03.pdf